经教育部批准，复旦大学2006年将在全国高校率先实施“自主选拔录取改革”，招生计划单列，在上海市自主选拔招收300名。
    参加自主选拔录取的考生必须首先通过涵盖高中语文、数学、英语、政治、历史、地理、物理、化学、生物和计算机等10个科目的综合测试，才能获得学校发放的申请资料。
    与传统的高考不同，面试是本次自主选拔录取中最关键的环节。具有入学申请资格的1200名考生提交相关材料并经审核后，还将接受由复旦大学150名教授专家组成的面试团对其进行面试，择优录取。学校将现场随机安排面试双方，每位考生都将分别接受5位专家每人15分钟的面试。每位专家将对申请者的气质品格、表达沟通、知识结构、逻辑思维等给出综合评价，汇总5位专家的评价形成申请者的面试成绩，再决定录取与否。
    改革的突破在于“面试决定录取结果”“学校说了算”。将打破以往“一考定终身”的高考模式。在选拔条件和录取标准上，大大增加了对考生综合素质要求的比重，更加贴近素质教育的要求。
　　经由自主选拔录取的这批考生将进入以通识教育为核心的复旦学院学习。
    不论是否被录取，所有参加复旦大学自主选拔的考生，都必须参加6月全国统一高考，这是自主招生方案中明确规定的。
　　据了解，对于那些参加自主选拔录取，但没有被录取的考生，6月高考当然是一次全新的选择机会。那些已经被自主录取的考生，也必须在6月份参加高考。高考成绩虽不影响考生已被复旦录取的事实，但成绩的高低将会影响考生入学后的奖学金和专业的选择。
　　另外，考生可以同时参加不同高校的自主选拔录取，并按自己的意愿进行最终选择。
　　自主录取过程中，考生都不确定专业。300名新生入学后将进入复旦学院学习，而专业选择则会在学生学完了平台课程后进行。这与通过全国统一高考录取的考生有所不同。
    一些教育界人士认为：这是继高校实施保送生、优秀生自主选拔、5％自主招生选拔等政策后“真正意义上的高校自主招生改革”。

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