《办法》要求:农村义务教育中央专项资金纳入国库单一账户体系管理,省级财政部门要开设中央专项资金财政零余额账户,县级财政部门要开设中央专项资金特设专户,专门用于中央专项资金的支付核算管理;农村义务教育中央专项资金实行国库集中支付,专项资金拨付省级财政后,由省级财政部门直接支付到收款人或县级财政,并由县级财政直接支付到收款人或学校。《办法》同时规定,财政部对中央专项资金支付实行全程跟踪、动态监控。
按照《办法》操作,一是简化了资金拨付程序,减少了支付环节,有利于提高资金运行效率;二是中央财政通过动态监控,实时掌握中央专项资金支付情况,有利于加强管理监督;三是信息反馈及时,中央财政能够及时掌握各级财政部门收到和拨付中央专项资金的时间、金额等各项详细信息,有利于促进中央专项资金的绩效管理。