赣南医学院有着60多年的办学历史。她的前身可追溯到1941年4月创办的江西省立赣县高级助产职业学校。1949年10月，改名为赣州护士助产学校。1958年6月经国务院批准，建立赣南医学专科学校。1988年4月经国家教委批准，在赣南医专的基础上建立赣南医学院。
赣南医学院现设有基础医学、临床医学、社会科学和军事体育４个教学研究部和现代教育技术中心，基层教学、研究单位设有36个教研室、3个研究室、5个大型综合性实验室，承担着全院各专业的教学以及科研任务。全院现有教职工1190余人，其中高级职称人员180人，中级职称人员350余人。
赣南医学院实行以本科为主、本专并举的办学体制，现设有五年制临床医学、麻醉学和四年制公共（卫生）事业管理、护理学等4个本科专业，临床医学、学校医学、妇幼卫生、护理学等4个三年制专科专业，并与省内外开展了联合办学。成人继续教育（夜大学）设有临床医学、护理学和公共（卫生）事业管理等3个三年制本科专业，临床医学、护理学、妇幼卫生、口腔医学等4个四年制专科专业和公共（卫生）事业管理三年制专科专业。1993年6月，学院被列为学士学位授予单位。现具有招收外国留学生与港澳台学生的资格。学院现有在校生7551人，其中全日制普通本科生3906人、专科生306人，夜大学生3339人，另有助考班和各种专业长短期培训班。建校60多年来，为社会培养输送了中、高级医疗卫生技术人才两万余人，其中绝大多数已成为各级医疗卫生机构的骨干力量。
赣南医学院坚持“勤俭自强、科学求是”的优良办学传统，不断改善办学条件和育人环境。全院占地面积11万平方米，建筑总面积13.4万平方米；图书馆实行了微机化管理，现有藏书（含电子图书）30余万册，中外文期刊900余种；建立了完整的正常人体解剖学、组织胚胎学和病理解剖学标本室，保持了形态学教学优势；教学仪器设备固定资产总值2916.6余万元，装备有现代化电子音像水平的电化教学语音设施和计算中心；计算机校园网已经建成，多媒体教学得到广泛应用。校园内绿树成荫，环境优美，是有志青年求知求学的好处所。
赣南医学院现有１所综合性附属医院，设置有48个业务、医技科室，开设病床561张，医疗、教学仪器设备固定资产总值2800余万元，年门诊量15万人次，建有皮肤科、眼科等重点学科，部分医疗技术填补了省市空白，有的还处于全省领先水平，形成了自己的医疗特色，成为省内卫生系统发展最快的医院之一，1996年被国家卫生部评定为"三级甲等医院"。此外，学院还建立了２所非直接领导的附属医院，在省内外建立了80余所教学医院，聘请客座正副教授200余人，保证了临床教学和实习的顺利进行。
赣南医学院坚持科研工作同教学相结合的方针，先后组建了高等教育、医学遗传学、 皮肤病理学等研究室。1990年以来，陆续承担国家和省自然科学基金、卫生部、省科委、省教育厅、卫生厅科研课题近90项，院自选题200余项，其中16项分别由省科委、省教育厅、卫生厅组织专家鉴定，有14项获省科技进步奖或厅优秀科技成果奖，获国家专利2项，实现技术转让3项。1993年以来主编出版各种专著40余部，在国内外学术刊物发表论文1000余篇，其中600余篇获国内外优秀学术论文奖。
赣南医学院编辑出版的《赣南医学院学报》，获得国际连续出版物统一刊号，编入中国学术期刊光盘版，向国内外公开发行；同时编辑出版党委机关报《赣南医学院报》，向院内发行和本系统交流。
赣南医学院注重社会主义精神文明建设，坚持"两手抓"，依法治校， 民主办学，综合治理，不断优化美化育人环境，树立了"文明、勤奋、求实、进取"的 优良校风。自1985年以来，学院先后荣获省、地、市三级绿化先进单位、园林化单位；1989年以来连续7届荣获江西省"文明单位"称号；1993年荣获全国、全省城市计划生育先进单位称号；1997年本科教学工作顺利通过国家教委合格评价。
赣南医学院是发展中的医学院校，面对新世纪新形势，决心高举邓小平理论伟大旗帜，坚持社会主义办学方向，按照"四个立足、四个着眼"的工作思路，调整结构、扩大规模，深化改革、创建特色，增强实力、提高质量，为把学院建成规模适度、结构合理、注重实用、水平较高、特色鲜明的医学院校而努力奋斗。
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